首页 技术 正文
技术 2022年11月15日
0 收藏 943 点赞 3,962 浏览 1174 个字

Bioenv 分析通过 计算样本群落结构的距离矩阵和 环境因子的距离矩阵,计算两个距离之间的相关系数,挑选出最佳的环境因子组合;

vegan 包进行 Bioenv 分析

默认情况下,计算 群落结构的距离矩阵时, 使用 Bray-Curtis 距离; 计算环境因子的距离矩阵时,使用Euliodean 欧式距离, 计算相关性,则采用 spearman 相关系数;

示例用法:

> # The method is very slow for large number of possible subsets.
> # Therefore only 6 variables in this example.
> data(varespec)
> data(varechem)
> sol <- bioenv(wisconsin(varespec) ~ log(N) + P + K + Ca + pH + Al, varechem)
> solCall:
bioenv(formula = wisconsin(varespec) ~ log(N) + P + K + Ca +      pH + Al, data = varechem) Subset of environmental variables with best correlation to community data.Correlations:    spearman
Dissimilarities: bray
Metric:          euclidean Best model has 3 parameters (max. 6 allowed):
P Ca Al
with correlation  0.4004806 > summary(sol)
                    size correlation
P                      1      0.2513
P Al                   2      0.4004
P Ca Al                3      0.4005
P Ca pH Al             4      0.3619
log(N) P Ca pH Al      5      0.3216
log(N) P K Ca pH Al    6      0.2822

从上面的结果可以看出,最佳的环境因子的组合是P Ca Al , 因为其相关系数是最高的;

结果展现形式:

vegan 包进行 Bioenv 分析

vegan 包进行 Bioenv 分析

bioenv 分析的使用场景:

挑选合适的环境因子进行后续分析,当环境因子的个数较多时,可以使用bioenv 分析,挑选出相关性最高的环境因子的组合;

存在的问题:

当多个环境因子的组合相关系数差不多时,如果单纯的按照相关系数的值挑选1个最高的环境因子的组合,可能漏掉部分关键的环境因子;

参考资料:

https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/bioenv

http://www.int-res.com/articles/meps/92/m092p205.pdf

相关推荐
python开发_常用的python模块及安装方法
adodb:我们领导推荐的数据库连接组件bsddb3:BerkeleyDB的连接组件Cheetah-1.0:我比较喜欢这个版本的cheeta…
日期:2022-11-24 点赞:878 阅读:9,490
Educational Codeforces Round 11 C. Hard Process 二分
C. Hard Process题目连接:http://www.codeforces.com/contest/660/problem/CDes…
日期:2022-11-24 点赞:807 阅读:5,905
下载Ubuntn 17.04 内核源代码
zengkefu@server1:/usr/src$ uname -aLinux server1 4.10.0-19-generic #21…
日期:2022-11-24 点赞:569 阅读:6,738
可用Active Desktop Calendar V7.86 注册码序列号
可用Active Desktop Calendar V7.86 注册码序列号Name: www.greendown.cn Code: &nb…
日期:2022-11-24 点赞:733 阅读:6,491
Android调用系统相机、自定义相机、处理大图片
Android调用系统相机和自定义相机实例本博文主要是介绍了android上使用相机进行拍照并显示的两种方式,并且由于涉及到要把拍到的照片显…
日期:2022-11-24 点赞:512 阅读:8,129
Struts的使用
一、Struts2的获取  Struts的官方网站为:http://struts.apache.org/  下载完Struts2的jar包,…
日期:2022-11-24 点赞:671 阅读:5,292